Das Waisenkind Lyra lebt in einem Universum, in dem Wissenschaft, Religion und Magie verschränkt sind. Auf ihrer Suche nach einem entführten Freund deckt sie eine finstere Verschwörung um verschwundene Kinder auf und geht dem wahren Wesen des mysteriösen Phänomens namens Staub auf den Grund. Später auf auf Ihrer Reise wird sie von Will begleitet, der im Besitz eines Messers ist, mit dem man Fenster zwischen den Universen schneiden kann. Als Lyra die Wahrheit über ihre Eltern und ihr prophezeites Schicksal erfährt, sind die beiden Kinder mitten in einen Krieg gegen himmlische Kräfte verwickelt, die sich über viele Welten hinweg erstreckt.